Identification des ressources concernant l'analyse du transcriptome*

*transcriptome = ensemble des ARN messagers transcrits à partir du génome

Les sites pour s'informer

Référence
Contenu

Service de génomique du département de biologie (SGDB) - ENS. Plate-forme transcriptome

http://www.transcriptome.ens.fr/sgdb/

 

 Présentation illustrée et synthétique du principe des puces à ADN , depuis leur fabrication jusqu'à la lecture et l'analyse des données

Génopôle

http://www.genopole.org/html/fr/connaitre/cite/outils/puces.htm

Explication du concept de puces à ADN.

Présentation illustrée des différentes sortes de puces(macroarrays, microarrays et puces à oligonucléotides).

Accès à la "plate-forme transcriptome" où il est possible de télécharger des fichiers au format pdf décrivant divers protocoles et techniques de marquage.

Forum INSERM

http://www.forumlabo.com/2002/abstracts/2000/puce.htm

 Accès à divers résumés de conférences réalisées dans le cadre d'un forum INSERM concernant les puces à ADN. En particulier, description de l'utilisation des puces à ADN pour étudier l'expression des gènes essentiels à la reproduction, des gènes impliqués dans la neurotransmission, des gènes impliqués dans la carcinogénèse ....

Université de Tours

http://www.univ-tours.fr/genet/gen001300_fichiers/GEN05D4/GEN05D4EC1.HTM

 Description efficace de deux méthodes d'analyse du transcriptome : méthode SAGE d'une part, puces à ADN d'autre part.

Gazette Labo

http://www.gazettelabo.fr/2002archives/pratic/1999/36puces.htm

 

 Description de l'utisation des puces à ADN comme outil au service de la santé publique

INRS

http://www.inrs.fr/htm/le_tour_du_mesotheliome_en_6_969_genes.html

Etude de plus de 7000 gènes impliqués dans le cancer du mésothèliome ( cancer de la plèvre) et accès à différents sites sur les génomes de différentes espèces.

NCBI : National Center for Biotechnology Information

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/microarrays.html

 Explication exhaustive (en anglais) de la technologie des puces à ADN et de ses applications.

 

Les revues

Référence
Contenu

"Les puces à ADN en oncologie"

Revue de l'ACOMEN, 1999, vol.5, n°3

 Article présentant les puces à ADN comme une alternative aux techniques classiques de détection des altérations géniques. Article "technique" présentant de manière illustrée la méthodologie puce à ADN sur support silicium avec utilisation de sondes oligonucléotides.
Publication (article au format pdf) Université Aix-Marseille II, Faculté des Sciences Luminy Bioinformatique 2000-2001 Présentation à la fois technique et illustrée de la technologie des puces à ADN et de ses variantes
ADHET - EPU du 14 Décembre 2000 " Actualités Hématologiques " Présentation explicite des deux méthodes d'étude du transcriptome : méthodes par hybridations multiples (puces à ADN) et Méthode SAGE

 

Les bases de données en ligne

 

http://genome-www.stanford.edu/cgi-bin/sarcoma/gx?n=finalafterSVDbiasfig2

 

 Banque de données concernant les puces à ADN. Possibilité d'effectuer une requête à partir d'un nom de gène.

The Cancer Génome Anatomy Project

http://cgap.nci.nih.gov/

Banque de données fournissant les résultats de l'analyse du transcriptome par la méthode SAGE. Possibilité d'effectuer une requête à partir d'un nom de gène et d'obtenir une représentation du niveau d'expression du gène choisi dans différents types cellulaires.