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Prise en main des étapes de l'interrogation d'une banque de données en ligne de puces à ADN : banque "GenExplore" |
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Etape 1 : Accéder au site http://genome-www.stanford.edu/sarcoma Voir la page d'accueil et sa signification
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Etape 2 : Après choisi le lien "Explore" permettant d'accéder à la banque "GenExplore", choisir "red-green " afin de pouvoir démarrer la requête. Concrètement, cela signifie que lors de la lecture des puces à ADN la couleur rouge traduira une surexpression du gène tandis que la couleur verte traduira une sous-expression du gène. |
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Etape 3 : 2) Taper le nom d'un gène dans le champ prévu à cet effet ("search for") en précisant le type de requête ("gene name") et lancer la requête ("go") Voir le résultat la requête primaire sur l'exemple du gène P53
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Etape 4 : Dans la fenêtre correspondant à la requête primaire, en cliquant sur l'un des "carrés" de la puce correspondant au gène sur lequel porte la requête, on accède à des résultats concernant un certain nombre d'autres gènes ayant un profil d'expression proche de celui de P53 Voir le résultat de la requête concernant le gène P53 et tous les gènes ayant un profil d'expression plus ou moins similaire |
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Pour aller plus loin... Dans la fenêtre correspondant à la requête primaire, il est possible d'effectuer une requête plus précise en cliquant devant le nom d'un des gènes correspondant à la requête "P53" : pour cela, cliquer sur le lien "sc" devant le nom d'un des gènes. On a alors accès à une nouvelle fenêtre fournissant des informations scientifiques sur le gène sélectionné. Dans cette nouvelle fenêtre, choisir "show gene expression data" Voir les résultats de la requête secondaire Une nouvelle fenêtre s'affiche (voir cette nouvelle fenêtre) et permet d'accéder, par un lien vers d'autres banques, à des résultats présentés sous la forme d'une figure arborescente dans laquelle le code couleur utilisé traduit le niveau d'expression du gène dans différentes populations de cellules tumorales. En particulier, NCI a étudié 60 lignées cellualires (accessibles par le lien "NCI60") pour différents types de cancers |
